FISH probes

VCCS offers the following FISH probes:

(BA = Break Apart, DC = Dual Colour, DF = Dual Fusion, SC = Single Colour, SL = Small Loci, TC = Triple Colour)

Probe

Location

CRLF2 (3'5') BA

Xp22.33/Yp11.32

DXZ1/DYZ3 DC

Xp11.1-q11.1/Yp11.1-q11.1

PAX7 (5'3') BA

1p36.13

CDKN2C/CKS1B DC

1p32.3/1q21.2

PBX1/HLF/TCF3 DF

1q23.3/17q22/19p13.3

ABL2 (3'5') BA

1q25.2

MYCN/AFF3 DC

2p24.3/2q11.2

ALK (3’5’) BA

2p23

IGK (3’5’) BA

2p11.2

PAX3 (3'5') BA

2q36.1

PAX3/FOXO1(3',5') BA

2q36.1/13q14.1

MECOM (3’5’) BA

3q26

MECOM (3'5') + D3S3364-D3S1614 TC

3q26

BCL6 (3’5’) BA

3q27

TP63 BA (5’3’) BA

3q28

FGFR3/IGH DF

t(4;14)(p16;q32)

D4Z1 SC

4p11-q11

D4Z1/D10Z1 DC

4p11-q11/10p11.1-q11.1

SCFD2/CHIC2/PDGFRA TC

4q12

SCFD2/TET2 DC

4q12/4q24

AFF1/KMT2A DF

t(4;11)(q21;q23)

D5S1518E-D5S1976/EGR1/RPS14 TC

5p15/5q31/5q33

PDGFRB (3’5’) BA

5q32-q33

TLX3 (5'3') BA

5q35.1

DUSP22 (5’3’) BA

6p25

CCND3/IGH DF

t(6;14)(p21;q32)

D6Z1/SEC63/MYB TC

6p11.1-q11/6q21/6q23
EGFR/D7Z1 DC   7p11.2-12/7p11-q11

D7Z1/KMT2E/MET TC

7p11-q11/7q22/7q31

D7Z1/KMT2E/EZH2 TC

7p11-q11/7q22/7q36

FGFR1 (3'5') BA

8p11

D8Z2/MYC/IGH DF

8p11.1-q11.1/t(8;14)(q24;q32)

RUNX1T1/RUNX1 DF

t(8;21)(q22;q22)

MYC (5’3’) BA

8q24

MYC/IGH DF

t(8;14)(q24;q32)

CD274-PDCD1LG2/D9Z3 DC

9p24.1/9p11-q11

JAK2 (5'3') BA

9p24.1

MLLT3/KMT2A DF

t(9;11)(p21.3;q23)

CDKN2A/D9Z3 DC

9p21/9p11-q11

ABL1 (5'3') BA

9q34.12

ABL1/BCR + ASS1 DF

t(9;22)(q34.12;q11.2)

NUP214 (5'3') BA

9q34.13

D10Z1 SC

10p11.1-q11.1
DMBT1 (5'3') BA  10q26.13 

NUP98 (3'5') BA

11p15.4-p15.5

D11Z1 SC

11p11.1-q11.1

CCND1 (5’3’) BA

11q13

CCND1/IGH DF

t(11;14)(q13;q32.3)

ATM/TP53 DC

11q22/17p13.1

KMT2A (5’3’) BA

11q23

FLI1/EWSR1 DF

t(11;22)(q24.3;q12.2)

ETV6 (5’3’) BA

12p13

ETV6/RUNX1 DF

t(12;21)(p13;q22)

D12Z3/MDM2 DC

12p11.1-q11/12q15

DDIT3 (3'5') BA

12q13.3

FOXO1 (3’5’) BA

13q14.1

RB1/DLEU2/LAMP1 TC

13q14.2/13q14.3/13q34

TCL1A (3'5') BA

14q32.13

IGH (3'5') BA

14q32.3

IGH/MAF DF

t(14;16)

IGH/BCL2 DF

t(14;18)(q32;q21)

IGH/MAFB DF

t(14;20)

PML/RARA DF

t(15;17)(q24;q21.2)

PML/RARA SL (variant detection probe)

t(15;17)(q24;q21.2)

MYH11/CBFB DF

inv(16)(p13q22);t(16;16)

FUS (5'3') BA

16p11.2

CBFB(5’3’) BA

16q22

TP53/NF1 DC

17p13/17q11

D17Z1 SC

17p11.1-q11.1

RARA (5’3’) BA

17q21

D18Z1 SC

18p11.1-q11.1

SS18 (3’5’) BA

18q11.2

MALT1 (5’3’) BA

18q21

BCL2 (3’5’) BA

18q21

TCF3 (3’5’) BA

19p13.3

1061L1/ZNF217 DC

20p13/20q13.2

PTPRT/20qter DC

20q12/20q13.33

RUNX1 (3’5’) BA

21q22

ERG/EWSR1 DF

t(21;22)(q22;q12)

IGL (5'3') BA

22q11.2

EWSR1 (5’3’) BA

22q12.2